En este mundo, existe gente con habilidades especiales para manipular objetos y transformarlos en otros objetos. Estas personas son conocidas como alquimistas. Sin embargo, este proceso de manipulación no viene por ciencia infusa, ya que las reglas básicas de la alquimia afirman que algo con un coste equivalente se necesita para llevar a cabo la manipulación. El protagonista es un famoso alquimista llamado Edward Eric, que perdió a su hermano pequeño Alphonse en un accidente. Edward consigue contener el alma de su hermano en una gran pieza de una armadura. Sin embargo, superponer el alma y el cuerpo del difunto tiene un coste muy grande, así que los dos hermanos deberán embarcarse en un viaje para encontrar un misterioso amplificador de poder que pueda reducir el coste de la manipulación de los objetos en una gran proporción.

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